19 июня 2003 года
Пичугин был задержан.
26 июня 2003 года
Генеральная прокуратура РФ предъявила Пичугину обвинение в убийстве Гориных.
В августе 2003 года
Пичугину было предъявлено обвинение в угрозе убийством предпринимателю Сергею Лобикову, а также покушениях на управделами «Роспрома» Сергея Колесова и на бывшего советника по общественным связям председателя совета директоров промышленно-финансового объединения «МЕНАТЕП» Михаила Ходорковского Ольгу Костину. Как утверждало следствие, Пичугин обратился к Горину с просьбой провести «акцию устрашения» по отношению к Костиной. У её квартиры была взорвана бомба, однако Костина не пострадала. Затем Горин якобы начал шантажировать Пичугина и требовать, чтобы тот устроил его супругу на высокооплачиваемую работу. После этого, по версии Генпрокуратуры, Пичугин и ликвидировал Гориных — они были похищены из своего дома, и найти их так и не удалось.
4 июня 2004 года
Уголовное дело в отношении Пичугина было передано в Московский городской суд. В ходе процесса эпизод с Лобиковым был снят за истечением срока давности.
30 марта 2005 года
Мосгорсуд, на основании вердикта присяжных, приговорил Пичугина к 20 годам лишения свободы с отбыванием наказания в колонии строгого режима. Суд признал Пичугина виновным в том, что он по поручению совладельца ЮКОСа Леонида Невзлина организовал следующие преступления: убийство супругов Гориных, покушение на Ольгу Костину, избиение Сергея Колесова.
14 июля 2005 года
Верховный суд РФ оставил в силе приговор Мосгорсуда. В деле убийства супругов Гориных помимо того, что не найдены их трупы, не были установлены ни исполнители, ни посредники преступления, а обвинение было построено на основании показаний одного из главных свидетелей обвинения, ранее осуждённого на пожизненное заключение Коровникова, якобы слышавшего от Горина, что ему угрожал Пичугин.
июль 2005 года
Расследование второго уголовного дела в отношении Пичугина было завершено.
17 августа 2006 года
Мосгорсуд приговорил Пичугина к 24 годам лишения свободы с отбыванием наказания в колонии строгого режима. Прокуратура обжаловала этот приговор в Верховном суде России, который отменил приговор и направил дело на новое рассмотрение в Мосгорсуд.
6 августа 2007 года
Мосгорсуд приговорил Пичугина к пожизненному заключению с отбыванием наказания в колонии особого режима. Суд признал Пичугина виновным в убийствах Корнеевой и Петухова, в покушениях на Рыбина, в убийстве Николая Федотова и ещё в трёх покушениях.
31 января 2008 года
Верховный суд России оставил в силе этот приговор, отклонив кассационную жалобу адвокатов Пичугина. Пичугин был направлен для отбывания наказания в ИК-6 УФСИН России по Оренбургской области («Чёрный дельфин»).
2012 год
Европейский суд по правам человека в 2012 году усмотрел в разбирательстве по первому делу Пичугина нарушения статей 5 и 6 ЕКПЧ.
2015 год
На прошение Пичугина о помиловании, адресованное в соответствии с Конституцией РФ президенту Путину, ответил отказом без указания причин Юрий Берг, губернатор Оренбургской области (где Пичугин отбывает наказание).
2019 год
Комитет министров Совета Европы, контролирующий исполнение государствами-членами Совета Европы постановлений Европейского суда по правам человека, призвал Российскую Федерацию как можно скорее принять меры для освобождения Пичугина и вновь отметил возможность, которую предоставляет процедура помилования.
май 2020 года
Пичугин получил третий отказ в помиловании — от Комиссии по помилованию Оренбургской области. В тот же день Комитет министров Совета Европы выпустил резолюцию, констатирующую невыполнение российскими властями решений ЕСПЧ и призывающую российские власти принять индивидуальные меры, «необходимые для устранения последствий обвинительных приговоров» Пичугину и представить Комитету доклад о принятых мерах до 30 ноября 2020 года.
